اما با اوج‌گیری انقلاب اسلامی فعالیت‌های سیاسی و مذهبی خود را گسترش داد و پس از پیروزی انقلاب، تحصیل را رها کرده و به سپاه پاسداران انقلاب اسلامی پیوست. شهید چراغچی در مقابله با ناآرامی‌های گنبد و سپس در جبهه‌های جنگ ایران و عراق حضوری فعال داشت. از مهم‌ترین مسئولیت‌های او می‌توان به فرماندهی گردان، مسئولیت طرح و عملیات منطقه ۶ سپاه، مسئول طرح و عملیات نصر ۵ خراسان و قائم‌مقامی فرمانده لشکر ۵ نصر اشاره کرد. توانایی بالای او در برنامه‌ریزی و طراحی عملیات‌ها، به‌ویژه در عملیات بستان، مورد تحسین فرماندهان قرار گرفت. او به اخلاق نیکو، تواضع، خویشتن‌داری، توکل و روحیه معنوی مشهور بود و همواره الگویی برای هم‌رزمان خود به شمار می‌رفت. در سال ۱۳۶۱ ازدواج کرد و حاصل این ازدواج دختری به نام فاطمه بود. باوجود علاقه فراوان به خانواده، تمام توان و فکر خود را وقف دفاع از کشور کرده بود. شهید چراغچی در طول جنگ چندین بار مجروح شد، اما هرگز جبهه را ترک نکرد. سرانجام در عملیات بدر بر اثر اصابت گلوله به ناحیه سر مجروح شد و پس از ۲۳ روز بیهوشی، در ۱۸ فروردین ۱۳۶۴ به شهادت رسید. پیکر مطهر این فرمانده شجاع در گلزار شهدای بهشت رضای مشهد به خاک سپرده شد. بریده‌ای از کتاب رسم پروانه شدندر تاریک روشنای هوای مه‌آلود و دم‌دار دو سیاهی به گردان نزدیک می‌شدند. دو سیاهی در حال ردشدن از تپه‌های پرپیچ‌وخم و مرگ‌آور بودند تپه‌هایی که در دیدرس مستقیم دشمن بودند و محال بود کسی جان سالم از آن به در ببرد جعفر پشت سرم ایستاد و گفت: نکنه کومله باشه گلنگدن را کشیدم لوله تفنگ را گرفتم رو به سیاهی‌هایی که افتان‌وخیزان نزدیک می‌شدند. سیاهی‌ها که نزدیک شدند دهانمان از تعجب باز ماند.