این کتاب در دو بخش «منطق پژوهش» و «آسیب شناسی تاریخی سامان یافته .است در بخش اول با ،تفصیل منطق پژوهش و نحوه مواجهه درست با مسئله پژوهشی تبیین می شود در بخش دوم ابتدا آفات و آسیبهایی که گزارشهای تاریخی بدان دچار شدهاند تشریح می شود. تا کسی که می خواهد وارد میدان پژوهش در تاریخ اسلام شود بداند با چه مشکلاتی در این عرصه روبه روست. سپس پاره ای از مهمترین آسیبهای روشی که پژوهشگران بدان مبتلا شده اند به خواننده گوشزد می شود تا پژوهش خود را از چنین آسیبهایی دور نگه دارد از طرف دیگر چون تاریخ پژوهی هم جنبۀ نظری دارد و هم جنبه عملی برای اینکه مسائلی که در تبیین منطق پژوهش و همچنین در آسیبهای تاریخی بیان می شود صرفا انتزاعی و فرضی نباشد در سراسر کتاب کوشش شده با رویکردی تطبیقی برای هر مسئله ،نظری مثالهای متعدد تاریخی آورده شود تا خواننده به طور ملموس با مطالب مطرح شده آشنا شود و ارتباط برقرار کند.