یک موشک فوق محرمانه در جریان آزمایشی نظامی ناگهان از مسیر خود منحرف می شود و در آب های اطراف فلوریدا ناپدید می گردد. هم زمان، رفتار عجیب نهنگ ها و مجموعه ای از اتفاقات توضیح ناپذیر از وجود رازی در اعماق اقیانوس خبر می دهند. کارول داوسن، روزنامه نگاری که برای یافتن حقیقت پا به این ماجرا می گذارد، گمان می کند در تعقیب یک خبر بزرگ است؛ اما جست وجوی او و همراهانش خیلی زود از مرز یک حادثه‏ی نظامی فراتر می رود. آنچه در ژرفای اقیانوس انتظارشان را می کشد نه ساخته‏ی انسان است و نه به جهان شناخته شده‏ی او تعلق دارد؛ رازی که گذشته‏ی حیات بر زمین را به آینده ای دور در میان ستارگان پیوند می زند. در اعماق آب، نشانه هایی از هوشی بیگانه پنهان شده است؛ هوشی که از فاصله ای تصورناپذیر آمده و چیزی را با خود به زمین آورده که می تواند سرنوشت بشر را برای همیشه تغییر دهد. گهواره آمیزه ای از ماجراجویی، تعلیق و علمی تخیلی است؛ داستان مواجهه‏ی انسان با ناشناخته ای که مرز میان هدیه و تهدید را محو می کند و پای پرسش هایی بزرگ تر از یک کشف فرازمینی را به میان می آورد: تکامل، آینده‏ی انسان و حق او برای تعیین سرنوشت خویش. آنچه در اعماق اقیانوس انتظار می کشد، فقط رازی از جهانی دیگر نیست؛ آینده ای است که شاید بشر هنوز برای روبه روشدن با آن آماده نباشد.