روش محمد ارکون پایه اصلی پروژه نقدی او را پیکردهی میکند به نحوی که امکان جدایی روش او از اهداف مطلوبش وجود ندارد. سکنی گزیدن در غرب به آشنایی و بهره بردن از پیشرفت های علمی که دانشمندان در بررسی چند جانبه تاریخ به آن رسیدند منجر شد کما اینکه زندگی در محیطی سکولار از سال ۱۹۶۱ هم اینکه او را از تکفیر و طرد و اتهامات پوچ به دور ساخت و هم به او امکان داد که موضع گیری مسئولانه ای در مقابل مشکل شناخت و آزادی ،معرفت اتخاذ کند. نوشته های ارکون از روشهای ویژه دانش ،مدرن تاریخ روانشناسی اجتماعی و تاریخی زبان شناسی جامعه شناسی و سایر علوم اجتماعی و انسانی سرشار است این عامل درک اندیشه ارکون را سخت گردانیده است. مشکل فهم آثار ارکون به علت وفور اصطلاحات مدرن علوم انسانی و اجتماعی به کار رفته در کتابهایش است کما اینکه به کارگیری مفاهیم و مقولات تازه و به ویژه روشهایی که در پیگیری موضوعات دنبال می کند پیچیدگی آنها را دوچندان کرده است هاشم صالح در جایی میگوید: اگر خواننده با دو کتاب کلمات و اشیا و دیرینه شناسی معرفت «میشل فوکو آشنا نباشد نمیتواند به درک اندیشه ارکون نائل آید. اما خود ادامه میدهد که اگر خواننده از همه آثار فوکو آگاه باشد باز هم نخواهد توانست اندیشه ارکون را دریابد در چنین حالتی او باید بر دامنه حساسیت معرفت شناسی خود بیفزاید و از یافته های مهم زبان شناسی تاریخ نویسی نو مکتب آنال فرانسه انسان شناسی دینی و علم ادیان تطبیقی بهره ببرد، مفهوم این سخن این است که خواننده باید با کل علوم انسانی که غرب زادگاه آن بود و هویت آن را تشکیل می دهد آشنا باشد.